Apport des échantillons
d’ADN de la Beauce aux études sur la génétique de la population québécoise
Par Claudia
Moreau
Laboratoire
de génétique des populations, Centre de recherche du CHU Ste-Justine
À l’automne de 2015, avec l’aimable collaboration d’organismes
régionaux, nous avons eu la chance lors de notre passage dans la vallée d’échantillonner
67 Beaucerons, dont 41 hommes et 26 femmes, qui nous ont permis d’isoler leur
ADN à partir de leur salive. Ceci nous a permis de génotyper deux portions de
leur génome d’intérêt pour notre étude : autant pour les femmes que les
hommes, une portion du génome qui vient exclusivement de la mère, l’ADN
mitochondrial, et, pour les hommes seulement, une portion du génome qui vient
exclusivement du père, le chromosome Y.
Nous avons aussi reconstruit leurs généalogies que nous
avons positionnées dans la grande généalogie du Québec qui comprend la presque
totalité des individus mariés au Québec depuis le début de la colonisation française.
Ce rapport présente la contribution de ces nouveaux
échantillons beaucerons aux données génétiques et généalogiques existantes pour
l’ensemble du Québec, et à un projet de recherche archéo-génétique présentement
en cours dans le laboratoire. Pour terminer, nous vous présenterons un portrait
génétique de la région de la Beauce.
Les échantillons de la Beauce sont utilisés dans le cadre
d’un projet de recherche du Laboratoire de génétique des populations, dirigé
par le professeur Damian Labuda au Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine.
Ce projet est mené en collaboration avec la base de données généalogiques
BALSAC à Chicoutimi (Hélène Vézina), le Département d’anthropologie de
l’Université de Montréal (Isabelle Ribot et Brad Loewen), et l’Université
Pompeu Fabra à Barcelone (Ferran Casals et Carles Lalueza-Fox).
Dans le laboratoire, nous avons constitué une base de
données qui réunit des données généalogiques et génétiques d’individus
québécois provenant de diverses régions. Les données généalogiques comprennent 3
875 214 individus mariés au Québec entre 1 600 et 1 960. En utilisant des
données d’ADN mitochondrial et de chromosome Y pour des individus contemporains
(c’est-à-dire vivants en 2015) liés à cette généalogie, nous avons pu déterminer
la signature ancestrale maternelle d’ADN mitochondrial portée par 1 644 633
femmes mariées dans la généalogie. De ce dernier nombre, la signature
ancestrale maternelle de 59 777 femmes (4%) a été déterminée grâce aux 67
échantillons contemporains de la Beauce. Ces signatures n’auraient pu être
déterminées avec les échantillons contemporains recueillis dans d’autres
régions québécoises. Rappelons que cette signature ancestrale maternelle est
transmise sans variation de mère en fille, de sa première occurrence dans la colonie
à nos jours. Ces 59 777 femmes mariées entre 1 600 et 1 960 descendent de 19
fondatrices, formant alors autant de lignées maternelles distinctes. Nous avons
aussi retracé les lignées des hommes et determiné leur signature ancestrale
paternelle du chromosome Y. Sur 1 893 019 hommes mariés présents dans la
généalogie du Québec, nous avons pu déterminer la signature ancestrale
paternelle du chromosome Y de 343 153 hommes mariés. De ce dernier nombre,
la signature de 25 688 hommes (7%) a été déterminée grâce aux échantillons
contemporains recueillis en Beauce. Ces signatures n’auraient pu être déterminées
en utilisant les échantillons des autres régions québécoises. Cette signature
ancestrale paternelle étant invariable de père en fils, ces 25 688 hommes mariés
entre 1 600 et 1 960 remontent à 22 fondateurs et appartiennent à autant de
lignées paternelles.
Le projet de recherche en cours vise à identifier les
familles de 6 individus exhumés de l’ancien cimetière de Sainte-Marie de Beauce.
Ils sont décédés avant 1 850, soit avant l’utilisation de pierres tombales dans
les cimetières québécois, et donc leur identité est inconnue. Nous proposons de comparer les signatures génétiques
maternelle-paternelle (l’ADN mitochondrial et le chromosome Y combinés) des 6 individus
archéologiques à la signature génétique maternelle-paternelle des ancêtres dans
la généalogie. Si cette signature génétique correspond, on sait que l’individu
archéologique appartient à cette famille précise. Pour réaliser ce projet qui
réunit plusieurs disciplines dont la génétique, la généalogie, l’archéologie et
les techniques récentes de séquençage de l’ADN ancien, nous avons utilisé les
données généalogiques et génétiques décrites précédemment pour tenter de trouver
la signature combinée de l’ADN mitochondrial et du chromosome Y (signature
génétique maternelle-paternelle) des individus inhumés dans l’ancien cimetière
de Sainte-Marie-de-Beauce. Pour ce faire, nous avons eu accès aux certificats
de décès de tous les individus enterrés avant 1850 dans ce cimetière que nous avons
pu insérer dans la grande généalogie du Québec. L’ADN des 6 individus inconnus
exhumés est présentement analysé à l’aide de techniques de pointe de séquençage
de l’ADN ancien à Barcelone. Une fois cette signature génétique
maternelle-paternelle déterminée, nous tenterons de la retrouver chez les
ancêtres présents dans la généalogie et enterrés dans l’ancien cimetière. Nous
avons pu déterminer la signature génétique maternelle-paternelle de 135 hommes
inhumés dans le cimetière de Sainte-Marie de Beauce en utilisant des données
généalogiques préliminaires incluant 479 hommes inhumés dans ce cimetière. De
ces 135 signatures, 47, soit 35%, ont pu être déterminées grâce aux
échantillons des Beaucerons. Les résultats de cette recherche seront publiés
dans une revue scientifique dès que les analyses seront terminées.
Partage d’ancêtres et
diversité génétique de la Beauce comparé aux autres régions du Québec
Lignée maternelle et
ADN mitochondrial
Parmi les 67 individus de la Beauce pour qui nous avons des
généalogies, nous avons mesuré le pourcentage de partage de l’ancêtre maternelle
(la première arrivée dans la colonie, autrement dit celle qui aurait légué son
nom de famille aux individus contemporains si les noms de famille provenaient
de la mère) par paire d’individus entre la Beauce et les autres régions du
Québec. On constate sans surprise qu’un Beauceron a plus de chance de partager son
ancêtre maternelle avec un individu de la région de Québec qu’avec un individu
de n’importe quelle autre région. Il y a donc plus de liens généalogiques et
génétiques entre les Beaucerons et les gens de la région de Québec qu’entre les
Beaucerons et les gens des autres régions pour ce qui est des ancêtres
maternels. Le tableau suivant montre les résultats en détails.
Région
|
Partage
par paire (%)
|
Outaouais
|
0,20
|
Gaspésie
|
0,27
|
Lanaudière
|
0,30
|
Montréal
|
0,45
|
Côte-Nord
|
0,47
|
Saguenay
|
0,47
|
Abitibi
|
0,50
|
Québec
|
0,96
|
La diversité génétique est en fait la chance pour que deux individus
pigés au hasard dans la population portent une séquence d’ADN différente sur la
portion du génome étudiée. Nous avons comparé les signatures génétiques d’ADN
mitochondrial des individus de la Beauce et des autres régions québécoises
étudiées. La diversité des séquences d’ADN mitochondrial des Beaucerons
échantillonnés se situe à peu près dans la moyenne comparée aux autres régions
étudiées. En effet, la diversité mitochondriale au Québec varie entre 90% et 96%
et celle de la Beauce est de 93%. Le tableau suivant montre les résultats en
détails. Certains échantillons de la Beauce ne sont pas inclus ici parce qu’ils
avaient des données incomplètes.
Région
|
Nombre
d’échantillons
|
Diversité
mitochondriale (%)
|
Abitibi
|
18
|
90
|
Lanaudière
|
30
|
90
|
Outaouais
|
15
|
92
|
Beauce
|
53
|
93
|
Côte-Nord
|
78
|
94
|
Gaspésie
|
399
|
95
|
Saguenay
|
175
|
95
|
Montréal
|
162
|
96
|
Québec
|
52
|
96
|
Nous avons regardé de plus près les signatures d’ADN
mitochondrial pour déterminer si certaines des ancêtres maternelles des
Beaucerons ont pu être d’origine amérindienne. En effet, au Québec selon la
région, nous avons retrouvé la trace de quelques ancêtres amérindiennes grâce
aux données d’ADN mitochondrial. En Beauce, nous n’avons trouvé aucune séquence
d’ADN mitochondrial parmi des participants qui pourrait provenir d’une ancêtre
amérindienne.
Lignée paternelle et
chromosome Y
Parmi les 41 hommes échantillonnés en Beauce pour qui nous
avons des généalogies, nous avons mesuré le pourcentage de partage de l’ancêtre
paternel (le premier arrivé dans la colonie, autrement dit celui qui a légué
son nom de famille aux individus contemporains) par paire d’individus entre la
Beauce et les autres régions du Québec. Contrairement aux ancêtres maternels,
les ancêtres paternels de la Beauce sont partagés plus souvent avec des
individus de la région de Montréal. Le tableau suivant montre les résultats en
détails.
Région
|
Partage
par paire (%)
|
Abitibi
|
0
|
Côte-Nord
|
0
|
Québec
|
0
|
Outaouais
|
0
|
Lanaudière
|
0
|
Gaspésie
|
0,08
|
Saguenay
|
0,09
|
Montréal
|
0,22
|
Pour ce qui est de la diversité génétique paternelle, soit celle
du chromosome Y, les hommes échantillonnés en Beauce ont une diversité inférieure
à celle des hommes des autres régions. En effet, pour toutes les régions où
nous avons suffisamment de données pour effectuer cette analyse, la diversité
varie entre 87% (pour la Beauce) et 98%. La diversité du chromosome Y des
hommes en Beauce est tout de même importante puisque si on pigeait au hasard deux
hommes dans la population beauceronne, dans 87% des cas les deux hommes
n’auraient pas la même séquence du chromosome Y. Le tableau suivant montre les
résultats en détails. Certains échantillons de la Beauce ne sont pas inclus ici
parce qu’ils avaient des données incomplètes.
Région
|
Nombre
d’échantillons
|
Diversité
chromosome Y (%)
|
Beauce
|
29
|
87
|
Québec
|
24
|
90
|
Côte-Nord
|
31
|
91
|
Saguenay
|
92
|
93
|
Montréal
|
54
|
95
|
Gaspésie
|
178
|
98
|
Remerciement spécial
Nous aimerions remercier tous les individus de la Beauce qui
ont si généreusement participé à nos recherches. Nous espérons que ce petit
compte rendu de votre contribution à nos études génétiques accompagné d’un
portrait génétique de la Beauce comparée aux autres régions du Québec vous a
plu. Pour notre part, nous avons apprécié nos rencontres et nos discussions
avec vous et nous vous sommes reconnaissants d’avoir participé avec tant
d’enthousiasme à nos études génétiques et généalogiques québécoises.